دانلود پایان نامه:شناسایی و بررسی حضور باکتری های بی هوازی نفت زی قادر به استفاده از نفت خام به عنوان تنها منبع...

3-5-6 مرحله ششم محیط کشت اختصاصی جامد برای جداسازی باکتری احیا کننده نیترات .35

3-5-7 مرحله هفتم روش تهیه سریال رقت…………………………………………………………………..35

3-6 تست احیای نیترات……………………………………………………………………………………………37

3-7 تست CHN ……………………………………………………………………………………………………37

3-7-1 خلاصه ای از ویژگی های تست CHN ……………………………………………………………38

3-8 غربالگری در محیط کشت غنی شده BHI ……………………………………………………………39

فصل چهارم

نتایج

4-1مشاهدات میکروسکوپی……………………………………………………………………………………41

4-2 غنی سازی……………………………………………………………………………………………………..41

4-3 نتایج کشت اختصاصی نیترات براث……………………………………………………………………42

4-4 نتایج تست احیای نیترات………………………………………………………………………………….42

4-5 نتایج کشت در محیط BHI………………………………………………………………………………43

4-6 نتایج تست CHN …………………………………………………………………………………………..44

4-7 تفسیر نتایج تست CHN ………………………………………………………………………………….45

فصل پنجم

بحث و نتیجه گیری

5-1 مقدمه………………………………………………………………………………………………………….48

این مطلب را هم بخوانید :

پایان نامه : روانشناسی شناختی

5-2 بیوتکنولوژی و اهمیت بیوتکنولوژی نفت…………………………………………………………..48

5-3 بحث…………………………………………………………………………………………………………..52

5-4 نتیجه گیری………………………………………………………………………………………………..55

5-5 پیشنهادات………………………………………………………………………………………………….56

پیوست الف ………………………………………………………………………………………………………57

منابع فارسی……………………………………………………………………………………………………….58

منابع انگلیسی……………………………………………………………………………………………………..58

فهرست جداول

جدول 1-1 نسبت ترکیبی نفت خام………………………………………………………………………………………………………..3

جدول 4-1 مقادیر آنالیز عنصری در نمونه شاهد…………………………………………………………………………………..44

جدول 4-2 مقادیر آنالیز عنصری در نمونه MSM ……………………………………………………………………………..45

فهرست نمودار

نمودار1-1 قیمت های نفت خام به صورت واقعی و صوری …………………………………………………………………10

چکیده

حضور وسیع باکتریهای بی‌هوازی و آرکی‌ها در سیستم نفتی زیرزمین به وسیله بسیاری از مطالعات مورد بررسی قرار گرفته است.  فرآیندهای آرام بی‌هوازی در زیر زمین فراوان می‌باشد که به همراه تجزیه زیرزمینی هیدروکربن‌ها که در ارتباط با احیای نیترات و متانوژنز و یا در مخازن نفتی در جائیکه وفور سولفات وجود دارد، به همراه احیای سولفات است. میکروارگانیزم‌هایی که قادر به استفاده از نفت خام به عنوان تنها منبع انرژی و کربن می‌باشند، با تولید یکسری محصولات جانبی و یا با شکستن ترکیبات هیدروکربنی سنگین کمک شایانی در رفع مشکلات موجود در صنعت نفت کرده اند.

در این مطالعه باکتری هایی از منطقه ی لاوان ، سکوی سلمان واقع در استان خوزستان جداسازی شدند که دارای قابلیت استفاده از هیدروکربن های ازته به عنوان تنها منبع کربن، ازت و انرژی بطور موثر بود. تحقیقات نشان می دهد که این باکتریهای بی هوازی قادرند برخی ترکیبات کمپلکس ، حلقوی و خطی نفت خام را تجزیه کرده و از ازت موجود در این ترکیبات استفاده کنند. هدف از این مطالعه بررسی باکتری های مصرف کننده نفت خام به عنوان تنها منبع انرژی ، ازت و کربن و تجزیه ی آن به مواد قابل بازیافت و تعیین شرایط بهینه ی رشد آنها می باشد. نمونه ها پس از نمونه گیری در کمترین زمان ممکن به آزمایشگاه منتقل شدند و در محیط های رشد مناسب کشت داده شدند. در ابتدا برای بی هوازی کردن محیط کشت از روش Hungate استفاده کرده و با استفاده از   serum bottle وcrimped seal کردن و در نهایت تنظیم گاز، محیط رشد باکتری ها  به صورت بی هوازی تهیه شدند. نمونه ها در محیط کشت BSM کشت داده شدند سپس به دلیل fastidious بودن باکتری های بی هوازی در محیط کشت MSM که یک محیط حداقل نمکی می باشد و حاوی 1٪ نفت خام استریل به عنوان منبع کربن بود کشت صورت گرفت. غنی سازی نمونه ها با افزودن 0.01٪ گلوکز و نیز محلول ویتامین ها و Trace mineral به محیط کشت انجام شد. استفاده از محیط کشت اختصاصی نیترات براث برای کشت باکتری ها در این مرحله صورت گرفت تا از سایر باکتری های بی هوازی رشد کرده در محیط جدا شوند. در محیط نیترات براث پس از مشاهده ی تغییر رنگ محیط کشت از وجود باکتری های تجزیه کننده ی نیترات (NRB  )  اطمینان حاصل شد. در مراحل بعد برای جدا کردن کلنی به دلیل عدم دسترسی به گلاو باکس میکروبی کشت در محیط کشت شیب دار با استفاده از serum bottle و جوشاندن محیط کشت برای خارج کردن اکسیژن محلول در آن و تنظیم گاز با purge کردن گاز ازت در آن به صورت بی هوازی کشت انجام شد. اضافه کردن محلول ویتامین ها نیز در همه مراحل کشت انجام شد. تست احیای نیترات جهت انتخاب بهترین سویه در شرایط بی هوازی و رشد در محیط غنی شده انجام شد و جهت بررسی عملکرد باکتری روی ساختار نفت و چگونگی تغییرات ایجاد شده در ساختار نفت توسط باکتری های NRB جدا شده، از تست CHN استفاده شد تا کاهش مقدار ازت مشخص گردد.

کلمات کلیدی :  نفت خام ، باکتری احیا کننده نیترات ، بی هوازی ، پر نیاز ، باکتری احیا کننده سولفات

فصل اول

کلیات

• مقدمه

نفت خام کمپلکس ترکیبی است که بطور عمده از هیدروکربن های متغیر اشباع شده و اشباع نشده تشکیل شده است. بیوتکنولوژی نفت مجموعه ای از متد و روش ها برای تولید، تغییر و اصلاح فراورده ها و تولید میکروارگانیسم ها برای کاربردهای ویژه است. مثلا تحقیقات در زمینه ی MEOR (Microbial Enhanced Oil Recovery) بمنظور افزایش برداشت از چاه های نفت به روش های میکروبی به منظور استخراج بیشتر نفت می باشد . میکروارگانیسم ها ابزار اصلی تحقیق در زمینه ی بیوتکنولوژی هستند که شامل باکتری ها، قارچ ها، جلبک ها ومیکروب هایی که در حوزه ی نفت در فرآیندهای پالایش-انتقال-تغییر و تبدیل مواد ،محیط زیست و خوردگی از ابزارهای اصلی بشمار می روند می باشند. که این منوط به حفظ و نگهداری میکروارگانیسم ها بدون کمترین تغییر ژنتیکی میباشد. در بخش مطالعات مخزن  در ایران برای اولین بار مطالعه ی مخزن آزادگان با یک شرکت نروژی  Sintef انجام شده روی سه میدان بزرگ نفت مارون، بی بی حکیمه و اهواز مشترک  با شرکت نروژی استات اویل مطالعه شده.  از 6/3 میلیون بشکه نفت 5/1 میلیون بشکه از این سه میدان تامین شده است. مطالعه جامع میدان (F.F.S )  و توسعه ی میدان ( M.D.D ) روی این زمینه فعالیت می کنند. مطالعه ی دیگر با شرکت روسی تاتنفت در زمینه ی ازدیاد برداشت به روش میکروبی میباشد که کار بزرگ و منحصر به فردی است.  در ایران 3 منطقه ی نفتی وجود دارد: زاگرس ، منطقه ی ایران مرکزی  و منطقه ی کپه داغ که ایران مرکزی در فارس و شمال بندر عباس  و کپه داغ در شرق گرگان و شمال شرق ایران قرار دارد. نفت خام ایران متشکل از مواد آلی است که قسمت اعظم آن کربن و هیدروژن همراه با مقادیر کم گوگرد ، ازت ، اکسیژن و مقادیر جزئی فلزات از جمله نیکل ، وانادیوم و…. میباشد. ( جدول 1-1 )

(جدول 1-1) نسبت ترکیبی نفت خام

دانلود پایان نامه:شناسایی و مقایسه تنوع گونه ای ماکرو بنتوزهای چشمه های باداب سورت،زرابه،قل قل و کورچش...

چکیده

تنوع و فراوانی بی مهرگان آبزی بر حسب شرایط محیطی متفاوت می باشند، بنابراین با توجه به حساسیت آنها نسبت به آلاینده های مختلف می توان شرایط آب از نظر آلودگی را ارزیابی نمود.  در این مطالعه ترکیب و تنوع ماکروینتوزهای استان سمنان  در سال 1391-92 در چهار ایستگاه(چشمه های باداب سورت،چشمه قل قل وزرابه)،مورد بررسی و شناسایی قرار گرفت.

در این بررسی به منظور شناسایی ماکروبنتوزهای چشمه های باداب سورت قل قل زرابه و کورچشمه استان سمنان بدین منظور از بهمن ماه سال  1391لغایت مرداد ماه 1392 چهار ایستگاه(چشمه های باداب سورت قل قل زرابه و کورچشمه) انتخاب و بصورت فصلی و با استفاده از قاب توری ((Surber sampler 50×50 سانتی متر به مدت هفت ماه مورد نمونه برداری قرار گرفت و نمونه های جمع آوری شده را با فرمالین 4% تثبیت و جهت بررسی به آزمایشگاه منتقل گردیدند.  برخی شاخص های تعیین کیفیت آب که بر فیزیولوژی موجودات بنتوزی و نیز کیفیت آب اثر گذار هستند از قبیل(اکسیژن محلول، دما،pH، TDS کل جامدات محلول، EC هدایت الکتریکی ، O2، دبی آب) مورد سنجش قرار گرفتند.  شاخص مارگالف، سیمپسون و شانون نیز برای تمامی ایستگاه ها در طول دوره نمونه برداری محاسبه گردید. براساس نتایج به دست آمده از این بررسی 25 خانواده از 13 راسته ،شامل:, Simuliidae, Tipulidae, Veliidae, Batidae, Stratiomyiidae, Tubificidae ,Anthomyiidae, Gomphidae Lestidae ,Glossiphonidae, Erpobdellidae, Corduliidae Dreissensiidae, Physidae, , Ancylidae, Tabanidae, Chironomidae, Argyronetidae, Gammaridae, Potamidae, Asellidae,Hydropsychidae Ceratopogonidae, Platycnemididae, ,Coenagrionidae, , در مجموع چهار ایستگاه شناسایی شد
واژگان کلیدی: آلودگی، سوربر، پارامترهای فیزیکوشیمیایی، ماکرو بنتوز، شاخص مارگالف, شاخص شانون،شاخص سیمپسون

فصل اول

کلیات تحقیق

مقدمه
آب های شیرین زیستگاه طبیعی گونه های فراوانی ازآبزیان است که هر یک تا حدودی دارای فون وفلور مخصوص به خود می باشد. بنا به عقیده روزنبرگ(Rosenberg,1999)  مهمترین ذخایر آبزی آب های شیرین، بی مهره گان کفزی ساکن آنها می باشند که در شبکه ی غذایی و تولیدات رودخانه نقش اساسی دارند. همچنین برای تعیین کیفیت محیطی رودخانه ها و پایش بیولوژیکی آنها به کار می روند. در این راستا، موجودات شاخص و عکس العمل های آنها را نسبت به شرایط محیطی در نظر می گیرند. بطورکل محققین، اندازه گیری پارامترهای فیزیکی و شیمیایی  آب را به مانند برداشت عکس و بررسی بیولوژیکی (بخصوص ماکرو بنتوزها) را مشابه تهیه فیلم ویدیویی از یک اکوسیستم می دانند(Rosenberg,1999). در واقع تنها راه عملی و به صرفه اقتصادی برای تعیین سلامت اکولوژیکی آب ها و تعیین اینکه آیا فعالیتهای انسانی موجب کاهش کیفیت آنها می شود، ارزیابی و پایش بیولوژیکی است(Lenat,1993). ایده اصلی فرابینی زیستی بسیار ساده است زیرا انواع جانداران آب های شیرین در شرایط معین کیفیت آب قادر به حیاتند. زمانی که شرایط تغییر می کند؛ مثلاً وقتی که یک چشمه مقادیر قابل توجهی از آلودگی دریافت می نماید، فراوانی، توزیع و ترکیب جمعیت موجودات آبزی در منطقه مورد اثر تغییر میکند و بی مهره گان کفزی از رایج ترین ارگانیزم های بکار رفته در این مقوله اند.
تعداد شاخص۵ برابر تمام شاخص هایی است که در ارتباط با سایر گروهها  (جلبک ها وماهیان) وجود دارد. همچنین رینولدسون بیان می دارد که بی مهره گان کفزی، مؤثرترین گروه بوده و امروزه از اساسی ترین اجزای بیولوژی آب های شیرین هستند که به کمک آنها و با استفاده از ترکیب جمعیتشان و تکیه بر گروه های شاخص، شرایط کیفی آب ها مشخص می شود(Reynoldson,1992). در واقع  ماکروبتنوزها، موجوداتی هستند از جوامع جانوری که در داخل و یا روی بستر زندگی می کنند. بی مهره گان کفزی جانوری یا زئو بنتوزها ساکنان رایج در محیط های آبی بوده و حدأقل بخشی از چرخه زندگی خود را در بستر آبگیرها سپری می کنند. و بر روی الک های با منافذ ۵۰۰ میکرون (نیم میلیمتر) باقی می مانند(Rosenberg,1999). چندین ویژگی موجب شده که این موجودات بیشتر مورد توجه متخصصان پایش بوم سازه های آبی باشند.از جمله این ویژگی ها میتوان به این موارد اشاره نمود:

۱- آنها در همه آبگیرها حضور دارند.۲- تنوع گونه ای بالایی دارند  و با تعداد زیاد گونه ها اغلب دارای محدوده وسیعی از حساسیت نسبت به آلاینده ها بوده که پاسخهای وسیعی به

 تغییر شرایط مهیا می نمایند.۳- ساکن بستر بوده، جابجایی و حرکت مشخص ندارند.۴- چرخه زندگی طولانی داشته به طوری که امکان بررسی وتعیین حدود و وسعت مکانی و زمانی آشفتگی ها را فراهم می آورند.۵- تغییرات کیفی آب را برخلاف اندازه گیری پارامترهای فیزیکی وشیمیایی، بصورت دوره ای نمایش می دهند(Feminella,1999). اینها همه از مزایایی هستند که برای مطالعات ارزیابی  زیستی به بی مهره گان کفزی نسبت به سایر گروهها (جلبک ها و ماهیان) اولویت می بخشد. استفاده از بی مهره گان کفزی  بر این فرض استوار است که آب هایی که در فشار آلودگی هستند تنوع کمتری داشته و در آنها گونه های مقاوم غالبیت داشته باشند(Wallen,2002). با توجه به بحران کم آبی و خشکسالی های متعدد منابع آب های سطحی در کشور ایران، اهمیت این منابع به ویژه چشمه های باداب سورت ،از اهمیت بسیار زیادی برخورداراست.

با این حال در حقیقت در کشور ما تاکنون بررسی هایی که در ارتباط با آب های شیرین به انجام رسیده است معمولا بدون پیوستگی خاص و هدف مدون پیگیری شده است، اینگونه بررسی ها غالبا درحد بررسی های کلی و نیز ثبت شرایط فیزیکی وشیمیایی و تا حدودی فون آنها بوده است. بررسی هایی که در برگیرنده شناخت اکولوژیکی و تنوع زیستی آب های جاری بوده و با هدف ارزیابی کیفی آب های جاری از جنبه اکولوژیکی و بیولوژیکی باشد، اندک بوده ویا موجود نیست. جا دارد تحقیقات وسیع تردرآب های داخلی  انجام شود و منابع آبی تحت پایش بیولوژیکی دایم باشد.

درحقیقت آنها با اشرافی که به اهمیت منابع آب های جاری خود دارند، تحت برنامه های مدون و منظم به پایش منابع آب های سطحی خود پرداخته و لذا در مطالعات خود بهترین ابزار را که همانا پایش بیولوژیکی و استفاده از ماکرو بنتوزها بعنوان موثرترین نشانگرهای محیطی می باشند، بکاربسته اند. بعنوان مثال فقط در ایالات متحده چندین آژانس و سازمان دولتی و غیر دولتی مانند آژانس حفاظت محیط زیست(EPA)، موسسه حفاظت منابع طبیعی (NRCC)و… با بکارگیری بیولوژیست ها به پایش زیستی منابع آبی می پردازند. در هر صورت از بین مقالات ومطالعات بسیاری که اساساً فون ماکروبنتوز رودخانه ها را مورد توجه قرار داده اند می توان به چندین مورد اشاره نمود : تحقیق در مورد پراکنش گونه ای از سخت پوستان کفزی بنام صدف گورخری  Dreissena Polymorpha در سال١٩٩١ توسط Strayer  در نهرهای آمریکای شمالی بصورت طولانی مدت انجام شده در این پژوهش ، پارامترهای فیزیکی و شیمیایی آب و تراکم نمونه ها به همراه شرایط فیزیکی ایستگاه  مورد بررسی قرار داده ، که پراکنش و غنای گونه مزبور به همراه اثرات فصول و ایستگاه های نمونه برداری در نهرهای مختلف مورد تجزیه و تحلیل نهایی قرار گرفته و در رابطه با شرایط کیفی نهرها اظهار نظر نموده است(

این مطلب را هم بخوانید :

روش ارزیابی متوازن : پایان نامه با موضوع امکان سنجی پیاده سازی ارزیابی متوازن

Strayer,1991).

همچنین درمطالعه ای مشابه، تر کیب گونه ای بی مهره گان کفزی وشرایط محیطی در نهر کوکامبر توسط Bass درسال١٩٩٥، مورد مطالعه واقع شده  بدین صورت که نمونه های آب و بی مهره گان کفزی از ایستگاه های بالادست وپایین دست نهر مزبور بطور فصلی جمع آوری شده و با توجه به عوامل محیطی و ساختار جمعیتی بی مهره گان بخصوص شاخص تنوع، نهر مزبور را مورد  ارزیابی کیفی قرار داده و در نتیجه این نهر را محیطی مناسب که قابلیت حمایت از گروه های متنوعی از کفزیان دارد تشخیص داده است(Bass,1995) .در راستای تحقیقات مذکور به عنوان اهداف این پروژه سعی شده است که جوامع کفزی رودخانه مورد شناسایی واقع شوند همچنین، فراوانی وپراکنش فصلی ماکروبنتوزهای رودخانه تعیین گردد علاوه بر آن ساختار جمعیت ماکروبنتوزهای ساکن رودخانه در طول مسیر(محل ایستگاه ها) مورد ارزیابی واقع گردد که در نهایت بتوان ارزیابی دقیق، سریع و در عین حال ارزان قیمتی از رودخانه ارایه نماییم. همچنین رودخانه از دیدگاه شاخص زیستی، طبقه بندی اکولوژیکی گردد و تاحدودی منابع عمده آلوده کننده رودخانه شناسایی شود.

تعداد صفحه : 130

قیمت : 14700تومان

دانلود پایان نامه:بررسی جایگاه بزهکاری اطفال و عوامل موثر آن در ق.م.ا جدیدسال 90و تعیین سن مسولیت کیفری ای...

2-6- عوامل بزهکاری اطفال در ترکیه                                                          68

2-6-1- علل و عوامل اجتماعی مؤثر بر بزهکاری اطفال و نوجوانان در ترکیه                           69

2-6-1-1- خانواده                                                                                                                        69

2-6-1-1-1- نقش والدین                                                                                                                 71

2-6-1-1-2- فرق گذاشتن میان فرزندان                                                                                                 71

2-6-1-1-3- اعتیاد والدین                                                                                                                 72

2-6-1-1-4- رفتار والدین                                                                                                               72

2-6-1-1-5- از هم گسیختگی و عدم انضباط خانواده                                                                                  73

2-6-1-1-6-تنبیه اطفال و نوجوانان                                                                                                       75

2-6-1-1-7- وجود فرد بزهکار در خانواده                                                                                              76

2-6-2- تأثیر محیط زندگی در بزهکاری اطفال و نوجوانان در ترکیه                                     77

2-6-2-1- تأثیر شغل و میزان سواد خانواده                                                                 78

2-6-2-2- علل اقتصادی                                                                                      79

2-6-3- تأثیر وراثت در بزهکاری اطفال و نوجوانان                                                        80

2-6-3-1- تأثیر منطقه مسکونی بر بزهکاری اطفال                                                         81

2-6-3-2- تأثیر تنبیه در اطفال و نوجوانان                                                                   82

2-6-3-3- تأثیر مدرسه و محیط آموزشی در بزهکاری اطفال و نوجوانان                                                       83

فصل سوم : تعیین سن مسئولیت کیفری                                                                            85

3-1- مقدمه                                                                                                    85

3-2- درجات مختلف مسئولیت                                                                         86

3-2-1- دوران فقدان تمیز و عدم مسئولیت کیفری مطلق                                                  86

3-2-2- دوران تمیز و برخورداری از مسئولیت کیفری نسبی                                              87

3-2-3- دوران بلوغ و سن کبر قانونی                                                                       87

3-3- سن شروع مسئولیت کیفری                                                                        87

3-4- مسئله تمیز اطفال و انتقادات وارده بر آن                                                         88

3-5- اماره عدم مسئولیت کیفری اطفال                                                                  89

3-5-1- مفهوم شرعی بلوغ                                                                                    89

3-5-2- مفهوم عملی بلوغ                                                                                     89

این مطلب را هم بخوانید :

پایان نامه مشتریان و انتخاب بانک:/عوامل موثر در رضایت مشتری

3-6- مسئولیت جزائی اطفال                                                                               90

3-7- رژیم قانون مجازات عمومی سال 1304                                                 90

3-7-1- اطفال کمتر از 12 سال                                                                               91

3-7-2- اطفال بین 12 تا 15 سال                                                                                      91

3-7-3- اطفال بین 15 تا 18 سال                                                                                      91

3-8- رژیم قانون دادگاه اطفال بزهکار                                                          92

3-9- رژیم قانون مجازات اسلامی و مجازات طفل بزهکار                                           93

3-10- سن مسئولیت کیفری از دیدگاه حقوق اسلام                                                  93

3-11- سن مسئولیت کیفری در قرآن                                                           94

3-12- سن مسئولیت کیفری در سنت                                                          95

3-12-1- سن مسئولیت کیفری در روایات رسیده از پیامبر اکرم(ص)                                    95

3-12-2- سن مسئولیت کیفری در احادیث امامان معصوم                                                 96

3-12-2-1-روایات مربوط به بلوغ جنسی                                                                                             96

3-12-2-2- روایات مربوط به بلوغ سنی                                                                                              96

3-12-2-3- روایات صرفاً مبتنی بر سن                                                                                               97

3-13- سن مسئولیت کیفری از نظر فقها                                                                98

3-13-1- نظریه مشهور فقهای امامیه                                                                         98

3-13-2- استاد معرفت                                                                                        98

3-13-3- علامه حلی                                                                                          98

3-14- نتیجه گیری                                                                                             99

فصل چهارم :                                                                                                                        100

4-1- تشکیلات قضایی ناظر بر اطفال بزهکار در حقوق ایران                                         100

4-1-1- تحولات کیفری اطفال در ایران                                                                      102

4-1-1-1- ایران قبل از اسلام                                                                                                          102

4-1-1-2- دوران اسلام                                                                                                                  103

4-1-1-3- وضعیت دادگاه اطفال قبل از انقلاب و چگونگی انتخاب قضات اطفال                                            103

4-1-1-4- انواع تصمیمات قاضی اطفال در قانون سابق                                                                            107

4-1-1-5- دادرسی کیفری کودکان و نوجوانان بر اساس قانون 1378                                                           108

4-1-1-5-1- دادگاه اطفال                                                                                                              108

4-1-1-6- دادرسی ویژه کودکان و نوجوانان                                                                                         109

4-1-1-7- وظایف و اختیارات قاضی دادگاه اطفال                                                                                  110

4-1-1-8- نقش دادستان در رسیدگی به بزهکاری اطفال و نوجوانان                                                                        110

3-1-1-9- نقش بازپرس در رسیدگی به بزهکاری اطفال و نوجوانان                                                                        111

4-1-2- صلاحیت دادگاههای اطفال و نوجوانان و مقامات صلاحیت دار                                112

4-1-2-1- صلاحیت شخصی                                                                                                                         112

4-1-2-2- صلاحیت ذاتی                                                                                                               114

4-1-2-3- صلاحیت محلی                                                                                                              115

4-2- تشکیلات قضایی ناظر بر اطفال و نوجوانان بزهکار در حقوق ترکیه                        116

4-2-1- تاریخچه محاکم اطفال در ترکیه                                                                     116

4-2-1-1- خصوصیات محاکم اطفال در ترکیه                                                                                       117

4-2-1-2- تأسیس دادگاهها                                                                                                             118

4-2-1-3- وظایف محاکم                                                                                                                118

4-2-1-4- حوزه قضایی دادگاهها                                                                                                      119

4-2-1-5- انتصاب قضات محاکم اطفال                                                                                               119

4-2-1-6- دفتر ویژه دادستان در خصوص کودکان و وظایف آنها                                                                119

4-2-1-7- واحد بازداشتگاه کودکان                                                                                                   120

4-2-1-8- اقدامات حمایتی و حفاظتی از اطفال و نوجوانان در دادگاههای ترکیه                                              121

4-2-1-9- اقدامات مشاوره و راهنمایی                                                                                               120

4-2-1-10- اقدامات نظارتی و نگهداری                                                                                             120

4-2-1-11- اتخاذ تدابیر پیشگیرانه و حمایتی از اطفال و ضمانت اجرای آن در دادگاههای ترکیه                         121

4-2-1-12- نگاهی به دادرسی اطفال بزهکار در سیستم حقوقی ترکیه                                                          122

4-2-1-12-1- اصول دادگاههای اطفال در ترکیه                                                                                                124

4-2-1-12-2- نقش قاضی در دادگاه اطفال                                                                                         126

4-3- نحوه ی رسیدگی به جرایم اطفال و نوجوانان در حقوق ایران و ترکیه                   127

4-3-1- نحوه ی رسیدگی به جرایم اطفال و نوجوانان در حقوق ایران                                    127

4-3-1-1-کشف جرم                                                                                          127

4-3-1-2- تعقیب                                                                                                                         128

4-3-1-3-تحقیق مقدماتی                                                                                                                130

4-3-1-4- تدابیر موقت تأمینی در ایران                                                                                               133

4-3-1-5-التزام والدین با تعیین وجه التزام                                                                                           133

4-3-1-6- قرار وثیقه                                                                                                                     133

4-3-1-7- نگهداری موقت                                                                                                              133

4-3-1-7-1-  فقدان ولی یا سرپرست                                                                                                    133

4-3-1-7-2- عجز از تودیع وثیقه یا قبول التزام                                                                                          134

4-3-1-8- نگهداری احتیاطی                                                                                                           134

4-3-1-9- دادرسی                                                                                                                       135

دانلود پایان نامه:طراحی کمومتری مرکب مرکزی برای بهینه‌سازی شرایط میکرواستخراج بانوارحلال و مقادیر کم دار...

3-3-3-1. منحنی درجه‌بندی ……………………………………………………………………………………. 45

3-3-3-2.تعیین فاکتور پیش تغلیظ (PF) ……………………………………………………………………. 45

3-3-3-3. تعیین تکرارپذیری (RSD) ………………………………………………………………………… 46

3-3-4.آنالیز نمونه حقیقی ……………………………………………………………………………………….. 46

فصل چهارم: نتایج

4-1. میکرواستخراج سه فازی بر پایه استفاده از فیبر توخالی متخلخل …………………………………. 48

4-2. مراحل بهینه‌سازی…………………………………………………………………………………………….. 48

4-2-1. بهینه‌سازی شرایط HPLC………………………………………………………………………………. 48

4-2-2. بهینه‌سازی شرایط استخراج ……………………………………………………………………………. 49

4-2-2-1.نوع حلال آلی………………………………………………………………………………………….. 49

4-2-2-2.طراحی آزمایش………………………………………………………………………………………… 51

4-2-2-2-1. غربال‌گری …………………………………………………………………………………………. 51

4-2-2-2-2. طراحی بهینه‌سازی ………………………………………………………………………………. 55

4-2-2-2-3. خلاصه نتایج بهینه‌سازی ……………………………………………………………………….. 59

4-3. تعیین پارامترهای تجزیه‌ای روش استخراج …………………………………………………………….. 59

4-3-1.تهیه منحنی درجه‌بندی …………………………………………………………………………………… 59

4-3-2.فاکتور پیش تغلیظ (PF) و درصد بازیابی (R%) …………………………………………………. 60

4-3-3.تعیین حد تشخیص (LOD) …………………………………………………………………………… 61

4-3-4. تکرارپذیری روش (RSD) ……………………………………………………………………………. 62

4-4.آنالیز نمونه ادرار و پلاسما ………………………………………………………………………………….. 62

فصل پنجم: بحث و پیشنهادات

5-1. بحث و نتیجه‌گیری…………………………………………………………………………………………… 66

5-2. پیشنهادات……………………………………………………………………………………………………… 69

منابع…………………………………………………………………………………………………………………….. 70

خلاصه انگلیسی …………………………………………………………………………………………………….. 82

ضمایم…………………………………………………………………………………………………………………………………………………………. 82

فهرست جداول

عنوان                                                                                                           صفحه

جدول 2-1. کاربردهای کروماتوگرافی تقسیمی ……………………………………………………………… 25

جدول 2-2. کاربردهای اخیر HF-LPME در استخراج گونه‌های مختلف ……………………………… 33

جدول 4-1. سطوح پایین و بالای مربوط به فاکتورهای بررسی شده ……………………………………. 52

جدول 4-2. آزمایشات طراحی شده پلاکت- بورمان جهت شناسایی فاکتورهای مهم تاثیرگذار بر روی نتایج SBME-HPLC برای جداسازی و اندازه‌گیری donepezil…………………….. 52

جدول 4-3. آزمایشات طراحی شده باکس- بهکن جهت بهینه‌سازی فاکتورهای موثر بر SBME…. 55

جدول 4-4. خلاصه نتایج بهینه‌سازی استخراج……………………………………………………………….. 59

جدول 4-5. ارقام شایستگی SBME داروی دونپزیل……………………………………………………….. 62

جدول 5-1. مقایسه روش ارائه شده با سایر روش‌های استخراجی……………………………………….. 66

فهرست اشکال

عنوان                                                                                                            صفحه

شکل ( الف ). روش‌های استخراج و میکرواستخراج ………………………………………………………….. 3

شکل 2-1. نمای جانبی از سیستم میکرواستخراج با حلال با استفاده از میله تفلونی …………………. 11

شکل 2-2. نمای جانبی از سیستم میکرواستخراج با تک قطره الف)استخراج مستقیم ازدرون محلول

ب)استخراج از فضای فوقانی ……………………………………………………………………………………………. 13

شکل 2-3. اصول استخراج HF-LPME (الف) دو فازی (ب) سه فازی ………………………………. 14

شکل 2-4. (الف) سیستم HF-LPME بر اساس پیکربندی (ب) پیکربندی میله‌ای U………………… 17

شکل 2-5. طرح شماتیک از سیستم HF-LPME…………………………………………………………….. 18

شکل 2-6. (الف): شمایی از سیستم HF-LPME از حجم زیاد (ب) سیستم نیمه خودکار …………. 19

شکل 2-7. طرح شماتیک میکرواستخراج فاز مایع به روش مستقیم (الف) و (ب) فضای فوقانی .. 21

شکل 2-8. شمایی از یک دستگاه HPLC……………………………………………………………………… 26

شکل 2-9. یک حلقه نمونه‌برداری کروماتوگرافی مایع …………………………………………………….. 28

شکل 2-10. سلول آشکارساز فرابنفش برای HPLC………………………………………………………… 32

این مطلب را هم بخوانید :

فواید ورزش برای زیبایی و شادابی پوست

شکل 2-11. ساختار شیمیایی دونپزیل …………………………………………………………………………. 36

شکل 4-1.کروماتو گرام تزریق مستقیم 1میلی‌گرم بر لیتر محلول ابی دونپزیل ………………………… 49

شکل 4-2. بررسی نوع حلال پر کننده منافذ فیبر ……………………………………………………………. 50

شکل 4-3. نمودار Pareto chart مربوط به طراحی پلاکت- بورمان …………………………………….. 54

شکل 4-4. نمودار مربوط به میزان و نحوه تغییر سطوح فاکتورهای موثر انتخاب شده ………………. 56

شکل 4-5. نمودار پاسخ سطحی تخمینی و خطوط کانتور به دست آمده از فاکتورهای موثر در کارایی استخراج donepezil توسط روش SBME-HPLC………………………………………………………………………………………. 57

شکل 4-6. منحنی درجه‌بندی در شرایط بهینه SBME 59

شکل 4-7. منحنی درجه‌بندی در محیط آبی حاصل از تزریق دارو قبل از استخراج ………………………………… 60

شکل 4-8. منحنی درجه‌بندی تزریق مستقیم ………………………………………………………………….. 61

شکل 4-9. کروماتوگرام نمونه ادرار حاوی 10 میکروگرم بر لیتر دارو………………………………….. 63

شکل 4-10. کروماتوگرام نمونه پلاسما حاوی 10 میکروگرم بر لیتر دارو……………………………… 64

خلاصه فارسی

داروی دونپزیل یک مهار کننده مرکزی آنزیم استیل کولیناستراز است که در موارد خفیف تا شدید بیماری آلزایمر بهکار می‌رود. همچنین در برخی موارد در درمان بیش فعالی و نیز موارد دمانس مرتبط با پارکینسون مورد استفاده قرار می‌گیرد.

در این مطالعه برای تغلیظ و اندازه‌گیری مقادیر کم این دارو در نمونه‌های بیولوژیک ادرار و پلاسما، ترکیبی از روش میکرواستخراج سه فازی مایع با نوار حلال و اندازه‌گیری با کروماتوگرافی مایع با کارایی

دانلود رساله دکتری:طراحی نرم­ افزاری پپتید اختصاصی متصل­ شونده به کادمیم و ساخت سیستم نمایش­ سطحی باکتر...

رساله دکتری

رشته زیست­ شناسی- گرایش ژنتیک­ ملکولی

طراحی نرم­ افزاری پپتید اختصاصی متصل­ شونده به کادمیم و ساخت سیستم نمایش­ سطحی باکتریایی براساس پیلی CS3 برای حذف فلزات­ سنگین با حداکثر تمایل به کادمیم

استادان راهنما

دکتر باقر یخچالی

دکتر مهدی صادقی

استاد مشاور

دکتر علی­ اصغر کارخانه

بهمن 1391

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی شود

(در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است)

تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه :

(ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)

 فهرست مطالب

صفحه	عنوان
	فصل اول: مقدمه و مروری بر مطالب گذشته
2	1-1 زیست فناوری
3	2-1 بیوانفورماتیک و نقش آن در زیست­فناوری
3	1-2-1 پایگاه­داده
4	1-1-2-1 جایگاه Expasy
4	2-1-2-1 پایگاه­داده Swiss-Prot
7	3-1-2-1- پایگاه­دادهProsite  یا پایگاه­داده موتیف­ها
9	3-1 کاربرد بیوانفورماتیک در پیش­گویی ساختار پروتئین
9	1-3-1 پیش­گویی ساختار دوم پروتئین­ها
10	2-3-1 پیش­گویی ساختار سوم پروتئین­ها
11	4-1 نمایش ساختار پروتئین
11	5-1 مقایسه ساختار سوم پروتئین­ها
12	6-1 فلزات سنگین و اثرات زیست­محیطی آنها
14	7-1 منابع تولید کننده آلودگی­های فلزات سنگین
16	8-1 کادمیوم
16	9-1 حذف فلزات سنگین از محیط­زیست
17	1-9-1 روش­های فیزیکوشیمیائی
17	1-1-9-1 روش اسمز معکوس
17	2-1-9-1 روش دیالیز الکتریکی
17	3-1-9-1 روش اولترا فیلتراسیون
18	4-1-9-1 تبادل یونی
18	5-1-9-1 رسوب­دهی شیمیایی
18	2-9-1 روشهای پاکسازی زیستی
18	1-2-9-1 پاکسازی گیاهی
18	2-2-9-1 جذب زیستی
19	1-2-2-9-1 سازکار­های جذب زیستی
19	1-1-2-2-9-1 فرایند رسوب و تجمع خارج سلولی
20	1-1-1-2-2-9-1 جذب الکتریکی
20	2-1-1-2-2-9-1 جذب فیزیکی یا جذب با دخالت نیروهای واندروالس
20	3-1-1-2-2-9-1 جذب شیمیایی
20	2-1-2-2-9-1 رسوب وتجمع داخل سلولی
20	1-2-1-2-2-9-1 متیله­کردن فلز
21	2-2-1-2-2-9-1 سولفوره کردن
21	3-2-1-2-2-9-1 رسوب فلزات مسموم کننده به صورت غیرمستقیم
21	10-1 سازکار­های ورود فلزات سنگین به ریزسازواره­ها
23	11-1 پروتئین­ها و پپتیدهای عمومی متصل شونده به فلزات سنگین
26	12-1 نمایش سطحی باکتریایی
27	1-12-1 نمایش­سطحی در باکتری­های گرم­منفی
29	2-12-1 نمایش پروتئین­های هترولوگ در باکتری­های گرم مثبت
30	13-1 افزایش جذب­زیستی فلزات سنگین در باکتری­های گرم منفی با روش­های مهندسی ژنتیک با تاکید بر نمایش­سطحی
33	14-1 سازکار تشکیل پیلی باکتریایی
36	1-14-1 پیلی­های باکتریایی و پیلی CS3
39	1-1-14-1 سازمان دهی ژنتیکی اپرون cst
40	2-1-14-1 تنظیم بیان CS3
40	15-1 اهداف تحقیق
	فصل دوم: مواد و روش­ها
42	1-2 بررسی­های بیوانفورماتیکی
42	1-1-2 پایگاه­های­داده و برنامه­های بیوانفورماتیکی
43	2-1-2 ساختار پروتئین و روش­های پیش­گویی عملکرد
43	1-1-2-1-2 جستجوی (شباهت) در پایگاه­داده توالی
43	1-1-2-1-2 جستجوی (شباهت) در پایگاه­داده توالی
43	3-1-2  روش­های آنالیز ساختار اول
44	4-1-2 روش­ها و برنامه­ی پیش­گویی ساختار و عملکرد پروتئین
46	5-1-2 ابزارهای مشاهده و آنالیز ملکولی
47	2-2 روش­های بیوانفورماتیکی
47	1-2-2 پیش­گویی ساختار دوم
47	2-2-2 پیش­گویی ساختار سوم پروتئین­ها و مدل­سازی
49	1-2-2-2 جستجوی توالی­های مشابه با PSI-Blast و Blast در مقابل پایگاه­داده  PDB
49	2-2-2-2 مدل­سازی مقایسه­ای
49	1-2-2-2-2 سرور SWISS-MODEL
50	2-2-2-2-2 مدل­سازی با برنامه Modeller
51	3-2-2-2 مدل­سازی براساس روش شناسایی تاخوردگی
52	4-2-2-2 شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم‌افزار GROMACS
52	5-2-2-2 تغییرات RMSD
52	1-5-2-2-2اندازه گیری RMSD با نرم افزار Swiss-pdb viewer
53	2-4-2-2-2اندازه­گیری RMSD با برنامه تحت شبکه CE
53	3-2-2 پیش­گویی سطوح در دسترس و سطوح مشترک بین دو پروتئین
54	3-2 مواد
54	1-3-2 ترکیبات استفاده­شده
54	2-3-2 آنتی بیوتیک ها
54	3-3-2 آنتی­بادی­های اولیه
54	4-3-2 آنتی­بادی­های ثانویه
54	5-3-2 باکتری­ها
55	6-3-2 پلاسمیدها
57	7-3-2 اولیگونوکلئوتیدها
58	8-3-2 کیت­های آزمایشگاهی
59	9-3-2 آنزیمها
59	10-3-2 نشانگر­ها
59	11-3-2 محلول­ها و بافرها
60	12-3-2 محیط­های کشت
60	1-12-3-2 محیط­های­کشت CFA آگار
60	13-3-2 محلول‌های مورد نیاز برای تهیه سلول‌های باکتریایی مستعد
60	14-3-2 محلول­های مورد نیاز به منظور نگهداری باکتری­ها
60	4-2 وسایل و دستگاه­ها
61	5-2 روش­ها
61	1-5-2 کشت باکتری
61	2-5-2 استخراج پلاسمید
61	1-2-5-2 استخراج پلاسمید با روش شکستن قلیایی
62	3-5-2 استخراج DNA پلاسمیدی با استفاده از کیت
62	4-5-2 بازیافت قطعات DNA از روی ژل­آگارز با استفاده از کیت
62	6-5-2 تهیه باکتریهای مستعد برای پذیرش DNA پلاسمید خارجی
62	1-6-5-2 مستعد سازی باکتری­ها
63	7-5-2 انتقال پلاسمید به درون باکتری
64	8-5-2 واکنش زنجیره­ای پلی­مراز(Polymerase chain reaction, PCR)
64	1-8-5-2 SOEing-PCR (Splicing by overlap extension PCR)
67	1-1.                    9-5-2 کلونینگ ژن جهش یافته  cstHدر وکتورpBR322
68	10-5-2 تائید صحت کلون­های واجد پلاسمید نوترکیب (Screening)
69	11-5-2 بررسی پروتیئن­ها
69	1-11-5-2 استخراج پروتیئن پیلی از باکتری
70	2-11-5-2 سنجش پروتیئن به روش برادفورد(Baradford)
70	1-2-11-5-2 رسم منحنی استاندارد پروتئین
71	3-11-5-2 وسترن­بلاتینگ (Western Blotting)
71	4-11-5-2 لکه­گذاری برای سلولهای باکتری
72	12-5-2 رنگ آمیزی ایمینوفلوروسنس
73	13-5-2 بررسی میزان جذب یون فلز
73	14-5-2 ویژگی­های پلاسمیدهای استفاده­شده در این مطالعه
74	15-5-2 بررسی های آماری
	فصل سوم: نتایج
76	1-3 نتایج بررسی های بیوانفورماتیکی
76	1-1-3 شناسایی و طراحی موتیف(پپتید) متصل شونده به فلزات
80	2-1-3 آنالیز ساختاری پروتئین CstH جهت پیش­گویی جایگاه مجاز در آن
80	1-2-1-3 شناسایی الگو و همردیفی توالی الگو–هدف
87	2-2-1-3 تولید و ساخت مدل و ارزیابی کیفیت آنها
90	3-2-1-3 سطوح قابل دسترس و اسیدهای­آمینه سطحی
93	4-2-1-3 سطوح مشترک و اسیدهای­آمینه درگیر در ارتباطات زیرواحدها در پلیمر پیلی و زیرواحد–چاپرون
94	5-2-1-3 پیش­گویی و تعیین ساختار دوم
96	3-1-3 پیش­گویی نهایی مناطق مجاز در زیرواحد CstH رساله دکتری رشته زیست­ شناسی- گرایش ژنتیک­ ملکولی طراحی نرم­ افزاری پپتید اختصاصی متصل­ شونده به کادمیم و ساخت سیستم نمایش­ سطحی باکتریایی براساس پیلی CS3 برای حذف فلزات­ سنگین با حداکثر تمایل به کادمیم استادان راهنما دکتر باقر یخچالی دکتر مهدی صادقی استاد مشاور دکتر علی­ اصغر کارخانه بهمن 1391 برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده پایان نامه درج نمی شود (در فایل دانلودی نام نویسنده موجود است) تکه هایی از متن پایان نامه به عنوان نمونه : (ممکن است هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود ولی در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل است)  فهرست مطالب صفحه عنوان فصل اول: مقدمه و مروری بر مطالب گذشته 2 1-1 زیست فناوری 3 2-1 بیوانفورماتیک و نقش آن در زیست­فناوری 3 1-2-1 پایگاه­داده 4 1-1-2-1 جایگاه Expasy 4 2-1-2-1 پایگاه­داده Swiss-Prot 7 3-1-2-1- پایگاه­دادهProsite  یا پایگاه­داده موتیف­ها 9 3-1 کاربرد بیوانفورماتیک در پیش­گویی ساختار پروتئین 9 1-3-1 پیش­گویی ساختار دوم پروتئین­ها 10 2-3-1 پیش­گویی ساختار سوم پروتئین­ها 11 4-1 نمایش ساختار پروتئین 11 5-1 مقایسه ساختار سوم پروتئین­ها 12 6-1 فلزات سنگین و اثرات زیست­محیطی آنها 14 7-1 منابع تولید کننده آلودگی­های فلزات سنگین 16 8-1 کادمیوم 16 9-1 حذف فلزات سنگین از محیط­زیست 17 1-9-1 روش­های فیزیکوشیمیائی 17 1-1-9-1 روش اسمز معکوس 17 2-1-9-1 روش دیالیز الکتریکی 17 3-1-9-1 روش اولترا فیلتراسیون 18 4-1-9-1 تبادل یونی 18 5-1-9-1 رسوب­دهی شیمیایی 18 2-9-1 روشهای پاکسازی زیستی 18 1-2-9-1 پاکسازی گیاهی 18 2-2-9-1 جذب زیستی 19 1-2-2-9-1 سازکار­های جذب زیستی 19 1-1-2-2-9-1 فرایند رسوب و تجمع خارج سلولی 20 1-1-1-2-2-9-1 جذب الکتریکی 20    2-1-1-2-2-9-1 جذب فیزیکی یا جذب با دخالت نیروهای واندروالس 20 3-1-1-2-2-9-1 جذب شیمیایی 20 2-1-2-2-9-1 رسوب وتجمع داخل سلولی 20 1-2-1-2-2-9-1 متیله­کردن فلز 21 2-2-1-2-2-9-1 سولفوره کردن 21 3-2-1-2-2-9-1 رسوب فلزات مسموم کننده به صورت غیرمستقیم 21 10-1 سازکار­های ورود فلزات سنگین به ریزسازواره­ها 23 11-1 پروتئین­ها و پپتیدهای عمومی متصل شونده به فلزات سنگین 26 12-1 نمایش سطحی باکتریایی 27 1-12-1 نمایش­سطحی در باکتری­های گرم­منفی 29 2-12-1 نمایش پروتئین­های هترولوگ در باکتری­های گرم مثبت 30 13-1 افزایش جذب­زیستی فلزات سنگین در باکتری­های گرم منفی با روش­های مهندسی ژنتیک با تاکید بر نمایش­سطحی 33 14-1 سازکار تشکیل پیلی باکتریایی 36 1-14-1 پیلی­های باکتریایی و پیلی CS3 39 1-1-14-1 سازمان دهی ژنتیکی اپرون cst 40 2-1-14-1 تنظیم بیان CS3 40 15-1 اهداف تحقیق فصل دوم: مواد و روش­ها 42 1-2 بررسی­های بیوانفورماتیکی 42 1-1-2 پایگاه­های­داده و برنامه­های بیوانفورماتیکی 43 2-1-2 ساختار پروتئین و روش­های پیش­گویی عملکرد 43 1-1-2-1-2 جستجوی (شباهت) در پایگاه­داده توالی 43 1-1-2-1-2 جستجوی (شباهت) در پایگاه­داده توالی 43 3-1-2  روش­های آنالیز ساختار اول 44 4-1-2 روش­ها و برنامه­ی پیش­گویی ساختار و عملکرد پروتئین 46 5-1-2 ابزارهای مشاهده و آنالیز ملکولی 47 2-2 روش­های بیوانفورماتیکی 47 1-2-2 پیش­گویی ساختار دوم 47 2-2-2 پیش­گویی ساختار سوم پروتئین­ها و مدل­سازی 49 1-2-2-2 جستجوی توالی­های مشابه با PSI-Blast و Blast در مقابل پایگاه­داده  PDB 49 2-2-2-2 مدل­سازی مقایسه­ای 49 1-2-2-2-2 سرور SWISS-MODEL 50 2-2-2-2-2 مدل­سازی با برنامه Modeller 51 3-2-2-2 مدل­سازی براساس روش شناسایی تاخوردگی 52 4-2-2-2 شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با استفاده از نرم‌افزار GROMACS 52 5-2-2-2 تغییرات RMSD 52 1-5-2-2-2اندازه گیری RMSD با نرم افزار Swiss-pdb viewer 53 2-4-2-2-2اندازه­گیری RMSD با برنامه تحت شبکه CE 53 3-2-2 پیش­گویی سطوح در دسترس و سطوح مشترک بین دو پروتئین 54 3-2 مواد 54 1-3-2 ترکیبات استفاده­شده 54 2-3-2 آنتی بیوتیک ها 54 3-3-2 آنتی­بادی­های اولیه 54 4-3-2 آنتی­بادی­های ثانویه 54 5-3-2 باکتری­ها 55 6-3-2 پلاسمیدها 57 7-3-2 اولیگونوکلئوتیدها 58 8-3-2 کیت­های آزمایشگاهی 59 9-3-2 آنزیمها 59 10-3-2 نشانگر­ها 59 11-3-2 محلول­ها و بافرها 60 12-3-2 محیط­های کشت 60 1-12-3-2 محیط­های­کشت CFA آگار 60 13-3-2 محلول‌های مورد نیاز برای تهیه سلول‌های باکتریایی مستعد 60 14-3-2 محلول­های مورد نیاز به منظور نگهداری باکتری­ها 60 4-2 وسایل و دستگاه­ها 61 5-2 روش­ها 61 1-5-2 کشت باکتری 61 2-5-2 استخراج پلاسمید 61 1-2-5-2 استخراج پلاسمید با روش شکستن قلیایی 62 3-5-2 استخراج DNA پلاسمیدی با استفاده از کیت 62 4-5-2 بازیافت قطعات DNA از روی ژل­آگارز با استفاده از کیت 62 6-5-2 تهیه باکتریهای مستعد برای پذیرش DNA پلاسمید خارجی 62 1-6-5-2 مستعد سازی باکتری­ها 63 7-5-2 انتقال پلاسمید به درون باکتری 64 8-5-2 واکنش زنجیره­ای پلی­مراز(Polymerase chain reaction, PCR) 64 1-8-5-2 SOEing-PCR (Splicing by overlap extension PCR) 67 1-1.                    9-5-2 کلونینگ ژن جهش یافته  cstHدر وکتورpBR322 68 10-5-2 تائید صحت کلون­های واجد پلاسمید نوترکیب (Screening) 69 11-5-2 بررسی پروتیئن­ها 69 1-11-5-2 استخراج پروتیئن پیلی از باکتری 70 2-11-5-2 سنجش پروتیئن به روش برادفورد(Baradford) 70 1-2-11-5-2 رسم منحنی استاندارد پروتئین 71 3-11-5-2 وسترن­بلاتینگ (Western Blotting) 71 4-11-5-2 لکه­گذاری برای سلولهای باکتری 72 12-5-2 رنگ آمیزی ایمینوفلوروسنس 73 13-5-2 بررسی میزان جذب یون فلز 73 14-5-2 ویژگی­های پلاسمیدهای استفاده­شده در این مطالعه 74 15-5-2 بررسی های آماری فصل سوم: نتایج 76 1-3 نتایج بررسی های بیوانفورماتیکی 76 1-1-3 شناسایی و طراحی موتیف(پپتید) متصل شونده به فلزات 80 2-1-3 آنالیز ساختاری پروتئین CstH جهت پیش­گویی جایگاه مجاز در آن 80 1-2-1-3 شناسایی الگو و همردیفی توالی الگو–هدف 87 2-2-1-3 تولید و ساخت مدل و ارزیابی کیفیت آنها 90 3-2-1-3 سطوح قابل دسترس و اسیدهای­آمینه سطحی 93 4-2-1-3 سطوح مشترک و اسیدهای­آمینه درگیر در ارتباطات زیرواحدها در پلیمر پیلی و زیرواحد–چاپرون 94 5-2-1-3 پیش­گویی و تعیین ساختار دوم 96 3-1-3 پیش­گویی نهایی مناطق مجاز در زیرواحد CstH 96 4-1-3 مدل­سازی پروتئین­های هیبرید 98 2-3  نتایج آزمایشگاهی 98 1-2-3  ساخت کاست های ژنی از ترکیب ژن cstH و توالی متصل شونده به کادمیوم 101 2-2-3 کلونینگ DNA زیر­واحد اصلی(CstH) جهش­یافته در وکتور کلونینگ 103 1-2-2-3 غربالگری کلون­های دارای پلاسمید­های نوترکیب 103 1-1-2-2-3 غربالگری با مقاومت آنتی­بیوتیکی و مقایسه وزنی با پلاسمیدهای کنترل 103 2-1-2-2-3 غربالگری با PCR 105 3-1-2-2-3 برش آنزیمی 105 4-1-2-2-3 تعیین توالی ژن­هایCstH::Cbm  وCstH::Cbβm  در کلون­های نوترکیب 106 3-2-3 کلونینگ ژن­هایcstH::cbm  و cstH::cbβm در اپرون cst 108 1-3-2-3 غربال کردن کلون های حاوی اپرون هیبرید cst::cbm و  cst::cbbm 109 1-1-3-2-3  تائید صحت کلونینگ با برش آنزیمی 110 2-1-3-2-3  تائید کلونیگ با PCR 112 4-2-3 بررسی بیان پیلی­های هیبرید CS3::cbβm و CS3::cbm توسط روش­های دات­بلاتینگ باکتری و وسترن پروتئین 113 1-4-2-3 دات بلاتینگ باکتری 114 2-4-2-3 وسترن بلاتینگ 115 5-2-3 بررسی نمایش سطحی پیلی­های هیبرید CS3::cbβm و CS3::cbm  توسط رنگ­آمیزی ایمونوفلورسانس 117 6-2-3 بررسی خاصیت اتصال به فلز باکتری­های بیان کننده پیلی CS3 نوترکیب 119 1-6-2-3 جذب کادمیم 120 2-6-2-3 اختصاصیت اتصال فصل چهارم: بحث و نتیجه­گیری 123 1-4 مزیت بیان سطحی بر سایر سیستم­های بیان پروتئین 124 2-4 کاربرد پیلی CS3 جهت نمایش سطحی و نقش مطالعات بیوانفورماتیکی در شناسایی مناطق مجاز ورود پپتیدهای بیگانه در آن 129 3-4 مقایسه موتیف­های طراحی­شده جهت جذب یون کادمیوم توسط باکتری­های نوترکیب ساخته­شده در این پروژه با مطالعات پیشین این مطلب را هم بخوانید : پایان نامه روانشناسی در مورد مفهوم سلامت روان در نظریه های روانکاوی - ایده پردازان پویا - روش ها و آموزش های کاربردی 135 4-4 پیشنهادات 136 منابع 144 پیوست­ها فهرست جدول­ها عنوان صفحه جدول 1-1. موتیف­های حفظ شده و اختصاصی متصل شونده به یونهای فلزی 8 جدول 1-2. مهمترین صنایع تولید کننده فاضلاب حاوی فلز سنگین 15 جدول 1-3. خانواده­های مهم پروتئین­های دخیل در نقل وانتقالات فلزات سنگین در باکتری­ها 22 جدول1 -4. ارگانل­های سطحی باکتریایی که از طریق مسیر چاپرون-آشر اسمبل می­شوند 35 جدول 1-5. خلاصه ای از اپی توپ­ها و موتیف­های ارائه شده توسط پیلی­ها 38 جدول 2-1. پایگاه­های­داده و برنامه­های بیوانفورماتیکی 42 جدول 2-2.ابزارهای مقایسه توالی 43 جدول 2-3. ابزارهای آنالیز توالی اول پروتئین 43 جدول 2-4. روش­های جستجوی پروفایل و پترن 44 جدول 2-5. ابزارهای پیش­گویی ساختار دوم 44 جدول 2-6. ابزارها و روش های پیش­گویی ساختار سوم 45 جدول 2-7. ابزارهای آنالیز و مشاهده ملکولی 46 جدول 2-8. مشخصات پلاسمیدهای استفاده شده و یا ساخته شده در این تحقیق 56 جدول 2-9. مشخصات اولیگونوکلئوتید­های استفاده شده در این تحقیق 57 جدول 2-10. ترکیبات استفاده شده در یک واکنش SOEing-PCR 65 جدول 2-11. واکنش برش آنزیمی پلاسمید pPR322 67 جدول 2-12. ترکیبات مورد استفاده برای واکنش الحاق 68 جدول 3-1 توالی اسید آمینه ای زیرواحد اصلی و چاپرون دو سیستم CS3 و کپسول آنتی­ژنی F1 81 جدول 3-2. ویژگیهای ساختاری الگو-هدف که توسط روش­های محاسباتی به همراه امتیازات نمره­دهی بدست آمده­است 87 جدول 3-3. مناطق و اسیدهای­آمینه درگیر در ارتباطات ملکولی و غیرقابل دسترس ملکول CstH 94 جدول 3- 4. اثر رقابتی یونهای Ni2+, Cu2+  و Cr3+ بر جذب Cd2+ در حضور کادمیوم 121 4 -1. مقایسه میزان جذب یون کادمیم در سیستم­های نمایش­سطحی مختلف و نتایج حاصل از این تحقیق 133 فهرست شکل­ها
96	4-1-3 مدل­سازی پروتئین­های هیبرید
98	2-3  نتایج آزمایشگاهی
98	1-2-3  ساخت کاست های ژنی از ترکیب ژن cstH و توالی متصل شونده به کادمیوم
101	2-2-3 کلونینگ DNA زیر­واحد اصلی(CstH) جهش­یافته در وکتور کلونینگ
103	1-2-2-3 غربالگری کلون­های دارای پلاسمید­های نوترکیب
103	1-1-2-2-3 غربالگری با مقاومت آنتی­بیوتیکی و مقایسه وزنی با پلاسمیدهای کنترل
103	2-1-2-2-3 غربالگری با PCR
105	3-1-2-2-3 برش آنزیمی
105	4-1-2-2-3 تعیین توالی ژن­هایCstH::Cbm  وCstH::Cbβm  در کلون­های نوترکیب
106	3-2-3 کلونینگ ژن­هایcstH::cbm  و cstH::cbβm در اپرون cst
108	1-3-2-3 غربال کردن کلون های حاوی اپرون هیبرید cst::cbm و  cst::cbbm
109	1-1-3-2-3  تائید صحت کلونینگ با برش آنزیمی
110	2-1-3-2-3  تائید کلونیگ با PCR
112	4-2-3 بررسی بیان پیلی­های هیبرید CS3::cbβm و CS3::cbm توسط روش­های دات­بلاتینگ باکتری و وسترن پروتئین
113	1-4-2-3 دات بلاتینگ باکتری
114	2-4-2-3 وسترن بلاتینگ
115	5-2-3 بررسی نمایش سطحی پیلی­های هیبرید CS3::cbβm و CS3::cbm  توسط رنگ­آمیزی ایمونوفلورسانس
117	6-2-3 بررسی خاصیت اتصال به فلز باکتری­های بیان کننده پیلی CS3 نوترکیب
119	1-6-2-3 جذب کادمیم
120	2-6-2-3 اختصاصیت اتصال
	فصل چهارم: بحث و نتیجه­گیری
123	1-4 مزیت بیان سطحی بر سایر سیستم­های بیان پروتئین
124	2-4 کاربرد پیلی CS3 جهت نمایش سطحی و نقش مطالعات بیوانفورماتیکی در شناسایی مناطق مجاز ورود پپتیدهای بیگانه در آن
129	3-4 مقایسه موتیف­های طراحی­شده جهت جذب یون کادمیوم توسط باکتری­های نوترکیب ساخته­شده در این پروژه با مطالعات پیشین
135	4-4 پیشنهادات
136	منابع
144	پیوست­ها

فهرست جدول­ها

عنوان	صفحه
جدول 1-1. موتیف­های حفظ شده و اختصاصی متصل شونده به یونهای فلزی	8
جدول 1-2. مهمترین صنایع تولید کننده فاضلاب حاوی فلز سنگین	15
جدول 1-3. خانواده­های مهم پروتئین­های دخیل در نقل وانتقالات فلزات سنگین در باکتری­ها	22
جدول1 -4. ارگانل­های سطحی باکتریایی که از طریق مسیر چاپرون-آشر اسمبل می­شوند	35
جدول 1-5. خلاصه ای از اپی توپ­ها و موتیف­های ارائه شده توسط پیلی­ها	38
جدول 2-1. پایگاه­های­داده و برنامه­های بیوانفورماتیکی	42
جدول 2-2.ابزارهای مقایسه توالی	43
جدول 2-3. ابزارهای آنالیز توالی اول پروتئین	43
جدول 2-4. روش­های جستجوی پروفایل و پترن	44
جدول 2-5. ابزارهای پیش­گویی ساختار دوم	44
جدول 2-6. ابزارها و روش های پیش­گویی ساختار سوم	45
جدول 2-7. ابزارهای آنالیز و مشاهده ملکولی	46
جدول 2-8. مشخصات پلاسمیدهای استفاده شده و یا ساخته شده در این تحقیق	56
جدول 2-9. مشخصات اولیگونوکلئوتید­های استفاده شده در این تحقیق	57
جدول 2-10. ترکیبات استفاده شده در یک واکنش SOEing-PCR	65
جدول 2-11. واکنش برش آنزیمی پلاسمید pPR322	67
جدول 2-12. ترکیبات مورد استفاده برای واکنش الحاق	68
جدول 3-1 توالی اسید آمینه ای زیرواحد اصلی و چاپرون دو سیستم CS3 و کپسول آنتی­ژنی F1	81
جدول 3-2. ویژگیهای ساختاری الگو-هدف که توسط روش­های محاسباتی به همراه امتیازات نمره­دهی بدست آمده­است	87
جدول 3-3. مناطق و اسیدهای­آمینه درگیر در ارتباطات ملکولی و غیرقابل دسترس ملکول CstH	94
جدول 3- 4. اثر رقابتی یونهای Ni2+, Cu2+  و Cr3+ بر جذب Cd2+ در حضور کادمیوم	121
4 -1. مقایسه میزان جذب یون کادمیم در سیستم­های نمایش­سطحی مختلف و نتایج حاصل از این تحقیق	133

فهرست شکل­ها